日本控制琉球，靠的是萨摩藩设在琉球的“在番奉行”制度。
萨摩藩的藩主为岛津氏。1197年，岛津忠久被镰仓幕府将军源赖朝任命为萨摩、大隅、日向的守护官。自此之后，岛津家族一直统治着九州岛南部。
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这片地方位于日本列岛的西南边疆，又是火山地带，土地贫瘠，百姓贫困。
但岛津家族历来不乏雄主。日本战国时期，萨摩藩积极向九州岛中北部扩张，吞并了许多小国。
丰臣秀吉统一日本后，出兵征服萨摩藩，把萨摩藩的属地从九国削减为两国。
在关原合战中，萨摩藩再次站错队，站到了德川家康的对立面。但此战中，岛津氏武力值极高，以1500人突破东军几万人，顺带干掉了井伊直政和松平忠吉，在德川家康心中留下了心理阴影。
从此之后，萨摩藩成为德川幕府的“外样大名”，受到幕府的猜忌和防范。
日本的大名，共分为三种，即亲藩大名、谱代大名、外样大名。
亲藩大名，主要是德川家康的亲属同族，封地在近畿一带，待遇优渥。
谱代大名，主要是早年追随德川家康的忠心家臣，包括关原合原前投顺德川家康的大名。
外样大名，主要是早年与德川家康平起平坐，在关原合战后被迫投降的大名。
外样大名封地多在边疆贫瘠之地，不能担任幕府要职，还要实行“交替居住”制度。全国各地的外样大名，一半住在封地，一半住在幕府所在地江户（今之东京），每年四月轮换。
外样大名的妻子、儿子必须常住江户，形同人质。“交替居住”产生的费用，人质居住在江户的费用，全部由外样大名承担。
因此，这是一项非常巧妙的制度，既能削弱外样大名的财力，又能提高大名子嗣对江户幕府的认同感。
萨摩藩藩主多为雄主，也多为好大喜功、铺陈奢侈之人。封地被削减后，萨摩藩无力供养庞大的武士队伍，也无法维持体面的大名生活，便转而南下侵略琉球。
1609年，萨摩藩正式出兵琉球，迅速占领琉球全境。一开始，萨摩藩试图直接统治琉球，在琉球设置“代官所”、“大奉行所”等机构，测量耕地。1629年，又实行“在番奉行”制度。
所谓“在番奉行”，是指萨摩藩主派遣家臣常驻琉球王国各主要附属岛屿，直接掌管各地的行政。这样一来，琉球就完全成为萨摩藩的附属国了。
德川幕府亦支持萨摩藩的行动。因为萨摩藩勒令琉球国王“上江户”，按照中国属国参拜中国的模式，要求琉球国王参拜中国。
为欺骗民众，德川幕府还让琉球使节穿着明朝衣冠，演奏明朝礼乐，声称是中国向日本朝贡。（清代明后，改令琉球使节穿着清朝衣冠。）
德川幕府此举，公开向中国表明，日本在外交上与中国的地位平等。让琉球使节身着明朝衣冠到江户朝贡，更有羞辱中国之意。
幕府试图模仿中国创建“华夷秩序”，建立以日本为中心的新的东亚秩序。此时中国正是明王朝后期，国力衰弱，无力压制日本这种分庭抗争的态度。
诡异的是，在萨摩藩的统治下，琉球仍向明朝称臣，定期向明朝进贡。以日本人的尿性，为什么不禁止琉球向明朝进贡呢？
因为不能！
琉球的富庶，建立在东亚海上贸易基础上。而东亚海上贸易，正是以中国为贸易中心。琉球的贸易利益，一大半都是通过与明朝的朝贡来实现的。
所以，明朝听说琉球“一国两属”，暗地里向日本朝贡，朝廷大为震怒。当时的内阁首辅叶向高，断定日本人在操纵琉球的朝贡贸易，主张拒收琉球进贡的货物。
拒收货物，意味着中国与琉球之间的贸易将中断，对琉球经济打击很大。连带着，日本也将无法从琉球贸易中获益。
于是，不仅琉球人着急，日本人也大为恐慌，向明朝遣使修好。最后，明朝将琉球的进贡期限改为十年一次，之后又改为五年一次。
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清朝取代明朝后，国力昌盛。与之相反，德川幕府却日趋保守。种种机缘下，萨摩藩对琉球的控制大为减弱，主要以经济掠夺为主，相继撤回了“代官所”、“大奉行所”等行政机构。
萨摩藩设在首里的“在番奉行”，更像是日本在琉球的“贸易代表处”。
日本是个耕地稀少的农业国，萨摩藩又是西南边缘小藩。但萨摩藩设在琉球的贸易代表处，却给萨摩藩输入了大量财富，使萨摩藩跃升为日本数一数二的大藩。
日本西南四强藩，除了萨摩藩之外，就是长州藩、土佐藩、肥前藩。四藩都位于日本西南，在地理上接近琉球，也都从琉球贸易中获益。